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と畜場で処理される検査対象の牛について、食肉衛生検査所ではエライザ法によるBSEスクリーニング検査を実施しています。この検査で陰性となった牛が市場に流通しています。陽性となった場合は、より精度の高い確認検査を国の検査機関が実施します。
スクリーニング検査結果が判明するまでは、枝肉、内臓等の可食部分と皮、脚等の非可食部分のすべてがと畜場内に保留されています。また、陽性となった牛については、確認検査の結果が判明するまでと畜場内に保留されています。
従って、BSEに感染している牛及びその疑いのある牛に由来する肉などが市場に出回ることはありません。
スクリーニング検査で陽性となった牛のサンプルを国の検査機関に送付し、ウエスタンブロット法及び免疫組織化学検査による確認検査が実施されます。確認検査で陽性の場合は、厚生労働省の「牛海綿状脳症に関する専門家会議」が招集され、確定診断されます。
なお、BSEであると確定診断された場合は、と畜場内に保留されている全ての部位は焼却処分となります。

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